นินจาในภาพยนตร์และหนังสือการ์ตูน – นักฆ่าล่องหนในชุดคลุมสีดำที่มีความสามารถด้านเวทย์มนตร์ในศิลปะแห่งการปกปิดและการฆาตกรรม – เป็นสิ่งที่น่าสนใจมากอย่างแน่นอน แต่ความจริงทางประวัติศาสตร์ของนินจานั้นแตกต่างออกไปบ้าง ในระบบศักดินาญี่ปุ่น นินจาเป็นนักรบระดับล่างที่ซามูไรและรัฐบาลมักคัดเลือกมาทำหน้าที่เป็นสายลับ ต้นกำเนิดของนินจา เป็นการยากที่จะระบุการเกิดขึ้นของนินจาตัวแรก  ความรู้ทั่วไปเรื่องนินจา  หรือที่เรียกอย่างถูกต้องว่าชิโนบิ เพราะท้ายที่สุดแล้ว ผู้คนทั่วโลกต่างก็ใช้สายลับและนักฆ่ามาโดยตลอด ตำนานพื้นบ้านของญี่ปุ่นระบุว่านินจาสืบเชื้อสายมาจากปีศาจที่เป็นครึ่งคนครึ่งกา อย่างไรก็ตาม ดูเหมือนว่านินจาจะค่อยๆ พัฒนาไปอย่างช้าๆ เพื่อเป็นศัตรูกับชนชั้นสูงอย่างซามูไรในยุคศักดินาตอนต้นของญี่ปุ่นแหล่งข้อมูลส่วนใหญ่ระบุว่าทักษะที่กลายมาเป็นวิชานินจา ซึ่งเป็นศิลปะการลักลอบของนินจา เริ่มพัฒนาระหว่างปี 600 ถึง 900 กล่าวกันว่าเจ้าชายโชโตกุซึ่งมีชีวิตอยู่ระหว่างปี 574 ถึงปี 622 กล่าวกันว่าว่าจ้างโอโตโมโนะ ซาฮิโตะเป็นสายลับชิโนบิ