การแพทย์แผนไทยมีต้นกำเนิด มาจากการปฏิบัติในระดับภูมิภาคของชนเผ่าพื้นเมืองก่อนประวัติศาสตร์ที่มีรากฐานมาจากวิญญาณนิยมประเพณี เกี่ยวกับผี ของ ชาว มอญและเขมรที่เข้ามายึดครองภูมิภาคก่อนการอพยพของชาวไทการแพทย์ไท ความรู้ทางการแพทย์ของอินเดีย (มาถึงก่อนอายุรเวช ) ผ่านทางชาวเขมร ความรู้ทางการแพทย์ของชาวพุทธผ่านทางชาวมอญ และความรู้ทางการแพทย์ของจีน  ความรู้ทั่วไปเรื่องพิกุล   (มาถึงก่อนTCM ) กับการอพยพของชาวไทซึ่งส่วนใหญ่มาจากทางใต้ จีน.ในช่วงต้นทศวรรษ 1900 การแพทย์แผนโบราณถูก ผิดกฎหมายในฐานะการหลอกลวง  เพื่อสนับสนุนการแพทย์แผนตะวันตก อย่างไรก็ตาม ในช่วงกลางทศวรรษ 1990 การแพทย์แผนโบราณก็ได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลไทยอีกครั้ง แผนเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติฉบับที่ 7 พ.ศ. 2535-2539 ระบุว่า [t] การส่งเสริมสุขภาพประชาชนเป็นการพยายามพัฒนาภูมิปัญญาดั้งเดิมในการดูแลสุขภาพ