การยับยั้งระบบภูมิคุ้มกันที่เกิดจากทางการแพทย์ยังเกิดขึ้นเมื่อยาที่มีฤทธิ์รุนแรงซึ่งออกแบบมาเพื่อรบกวนการพัฒนาเซลล์ T และ B ถูกนำมาใช้เพื่อป้องกันการปฏิเสธการปลูกถ่ายอวัยวะหรือไขกระดูกหรือเพื่อลดการตอบสนองของ ระบบภูมิคุ้มกัน ที่รุนแรง แม้ว่าการใช้ยาดังกล่าวจะช่วยเพิ่มความสำเร็จของการปลูกถ่ายได้อย่างมาก แต่ก็ทำให้ผู้ป่วยมีความไวสูงต่อการติดเชื้อจุลินทรีย์ โชคดีที่การติดเชื้อส่วนใหญ่สามารถรักษาได้ด้วยยาปฏิชีวนะ แต่ต้องใช้ยากดภูมิคุ้มกันอย่างระมัดระวังและให้สั้นที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้